2020年1月23日因新冠肺炎疫情暴发,武汉封城,从1月28日起,国家治理研究院团队在院长欧阳康带领下开展“新冠肺炎疫情防控与公共卫生治理现代化综合研究”,拟定10个重点问题,汇集校内外数十位研究人员开展协同研究。2月,为支持抗疫研究,学校设立了“华中科技大学华中智库专项课题”,共计资助32项与疫情防控相关的课题,经费超过100万元。研究团队克服困难,齐心协力,推出一大批研究成果,先后编印120余期《国家治理参考》(抗击新冠肺炎专辑),其中50余篇获得国家及省部级领导人等肯定性批示,或被新华社、人民日报、光明日报、教育部等内参采纳,许多建议案直接转化为抗疫政策,为打赢疫情武汉保卫战、湖北保卫战、中国保卫战贡献了热情和智慧。